William Lee är skadedjursbekämpare och narkoman. På dagarna utrotar han insekter, om nätterna använder han samma gifter på sig själv, för sitt höga nöjes skull. När han i hallucinatorisk paranoia mördar sin egen fru och omges av gigantiska insektoider står det inte längre klart vad som är på riktigt, och vad som bara sker i hans huvud. Naked Lunch är baserad på William S. Burroughs roman med samma namn, såväl som inspirerad av Burroughs eget liv.